Par son travail, il cherche à influencer la politique intérieure et étrangère de la France afin qu’elle intègre la dimension des droits humains. Avant de rejoindre Human Rights Watch en 2007, il a été pendant neuf ans Secrétaire général du CCFD (Comité Catholique contre la Faim et pour le Développement), une grande ONG française œuvrant en faveur du développement.

Auparavant, il a dirigé la principale ONG française de plaidoyer travaillant sur les relations Nord-Sud, Agir ici pour un monde solidaire, qui a récemment rejoint le réseau OXFAM International. De 1999 à 2005, Jean-Marie Fardeau était membre du Haut Conseil pour la Coopération Internationale, organe consultatif auprès du Premier Ministre. Agronome de formation, Jean-Marie Fardeau a également été le Président de la CIDSE, un réseau de quinze ONG européennes et nord-américaines œuvrant en faveur du développement.